si, si puo fare col toolnix. devi andare nella cartella dove lo hai installato (presumibilmente c:\programmi\mkvtoolnix) e utilizzare il file mmg.exe
per la procedura nel dettaglio ti rimando a questa
guida
io ho riscontrato qualche difficoltà nel taglio però, perchè per qualche motivo a me oscuro tagliava o prima o dopo il punto che indicavo. quindi, buona fortuna